Transformer son entreprise individuelle en SEL : pourquoi et comment
Passer d'une exploitation en nom propre à une société d'exercice libéral ouvre la voie à la transmission, à la holding et à l'optimisation. Voici pourquoi et comment franchir le pas, à jour en 2026.
De nombreux pharmaciens exploitent encore leur officine en nom propre, sous forme d'entreprise individuelle. À un moment de leur parcours — pour préparer une transmission, faire entrer un associé, créer une holding ou optimiser leur fiscalité — se pose la question du passage en société d'exercice libéral (SEL). Une étape structurante, avantageuse mais technique. Voici pourquoi et comment la franchir, à jour du cadre 2026.
« Transformer » : de quoi parle-t-on
Le terme est répandu mais trompeur : on ne « transforme » pas juridiquement une entreprise individuelle en société. Une société est une personne morale nouvelle, qu'il faut créer, et à laquelle on transmet ensuite l'officine. Concrètement, on constitue une SEL (SELARL ou SELAS), puis on lui apporte le fonds — ou on le lui cède. L'entreprise individuelle, elle, cesse.
Cette nuance n'est pas qu'un détail de vocabulaire : elle explique pourquoi l'opération suppose une évaluation du fonds, des formalités spécifiques et une fiscalité propre, que nous détaillons plus bas.
Pourquoi passer en SEL
Les motivations sont nombreuses. La transmission d'abord : il est bien plus souple de céder ou de donner des parts sociales — progressivement, avec le pacte Dutreil — que de vendre un fonds. Ensuite, la SEL ouvre la porte à une holding (SPFPL), indispensable pour un rachat à effet de levier ou la constitution d'un groupe d'officines. Elle permet aussi de faire entrer des associés au capital, de séparer patrimoine professionnel et personnel, et d'accéder à la fiscalité de l'impôt sur les sociétés (15 % puis 25 %), souvent plus favorable qu'une imposition des bénéfices au barème progressif.
En somme, la SEL fait passer l'officine d'une logique d'exploitation individuelle à une logique d'entreprise patrimoniale, ouverte sur la transmission et le développement.
Apport ou cession du fonds
Deux voies permettent de transférer l'officine à la SEL. L'apport : le pharmacien apporte son fonds à la société et reçoit en échange des titres de la SEL. La cession : la SEL achète le fonds, généralement financée par emprunt, et verse un prix au pharmacien. L'apport est la voie la plus fréquente dans une logique de restructuration patrimoniale, car il évite une sortie de trésorerie immédiate.
Le choix entre les deux a des conséquences fiscales importantes, notamment sur la plus-value et les droits d'enregistrement. Il doit être arbitré selon l'objectif : réorganiser son patrimoine, ou dégager des liquidités.
Le report de plus-value
L'apport du fonds à une société est un fait générateur de plus-values professionnelles. Mais l'article 151 octies du CGI prévoit un régime de faveur, sur option, particulièrement précieux.
Le mécanisme du report : pour les biens non amortissables (le fonds, les éléments incorporels), l'imposition de la plus-value est reportée jusqu'à la cession ultérieure des titres reçus. Pour les biens amortissables, la plus-value n'est pas imposée chez l'apporteur mais réintégrée progressivement dans le résultat de la société. Autrement dit, l'apport n'entraîne pas de taxation immédiate — et le report est même maintenu en cas de donation ultérieure des titres, sous engagement du bénéficiaire.
À noter, la loi de finances pour 2026 a par ailleurs sécurisé dans la loi (nouvel article 151 octies D) le report d'imposition applicable à l'entrepreneur individuel qui opte pour l'impôt sur les sociétés, une voie alternative à l'apport en SEL selon les objectifs poursuivis.
Formalités et calendrier
L'opération suit plusieurs étapes : évaluation du fonds, constitution de la SEL, intervention d'un commissaire aux apports lorsque l'apport en nature dépasse 30 000 €, puis transfert des contrats, du bail et des salariés (dont le contrat de travail se poursuit automatiquement). S'y ajoutent les autorisations propres à la profession : inscription de la SEL à l'Ordre et régularité au regard des règles d'exploitation de l'officine.
C'est un calendrier à anticiper de plusieurs mois, en coordonnant l'expert-comptable, le conseil juridique et les instances ordinales. Une opération bien préparée s'exécute sereinement ; improvisée, elle expose à des blocages.
Les points de vigilance
Plusieurs conditions encadrent les avantages fiscaux. Pour préserver l'exonération de droits d'enregistrement sur un apport pur et simple, les titres reçus doivent en principe être conservés trois ans. La détention de la SEL doit respecter les règles de la profession : capital majoritairement détenu par des pharmaciens en exercice. Enfin, depuis 2024, la rémunération des associés de SEL au titre de leur activité libérale relève de la catégorie des BNC : un point à intégrer dans la nouvelle organisation.
Une opération à ne pas sous-estimer. Évaluation du fonds, commissaire aux apports, engagements de conservation des titres, autorisations ordinales, articulation avec une éventuelle holding : chaque brique conditionne la réussite et la sécurité fiscale de l'ensemble. Le passage en SEL se prépare et se pilote — il ne s'improvise pas au moment d'une cession ou d'une association imminente.
Passer en SEL, ce n'est pas changer d'étiquette : c'est doter son officine d'une structure faite pour durer, transmettre et se développer.
Se faire accompagner
Choisir entre apport et cession, chiffrer la plus-value et sécuriser son report, calibrer la SEL et l'articuler avec une future holding, coordonner les formalités ordinales : c'est une opération qui mobilise l'ensemble de nos compétences.
Cet article présente des repères généraux et ne constitue pas un conseil personnalisé. Le passage en SEL se décide sur une analyse précise de votre situation et de vos objectifs : plus il est anticipé, plus il est efficace.
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